ذرات با چگالی یا اندازههای مختلف با سرعتهای متفاوتی رسوب میکنند و بزرگترین و متراکمترین ذرات سریعترین و پس از آن ذرات کمتر و کوچکتر رسوب میکنند.
پلت دیفرانسیل معمولاً برای برداشت سلول ها یا تولید بخش های زیر سلولی خام از هموژن بافت استفاده می شود. به عنوان مثال، یک هموژنه کبد موش حاوی هسته، میتوکندری، لیزوزوم، و وزیکول های غشایی که با سرعت کم برای مدت کوتاهی سانتریفیوژ می شود، عمدتاً هسته های بزرگتر و متراکم تر را پلت می کند. سانتریفیوژ بعدی با نیروی گریز از مرکز بالاتر، ذرات مرتبه پایینتر بعدی (مانند میتوکندری) و غیره را گلوله میکند. استفاده از بیش از چهار چرخه سانتریفیوژ دیفرانسیل برای همگن بافت طبیعی غیرمعمول است.
به دلیل عدم تجانس در ذرات بیولوژیکی، سانتریفیوژ افتراقی از آلودگی و بازیابی ضعیف رنج می برد. آلودگی توسط انواع مختلف ذرات را می توان با تعلیق مجدد و تکرار مراحل سانتریفیوژ (یعنی شستن گلوله) برطرف کرد.
در سانتریفیوژ نرخ-منطقه ای، مشکل آلودگی متقاطع ذرات با نرخ های مختلف ته نشینی ممکن است با لایه بندی نمونه به عنوان یک منطقه باریک در بالای یک گرادیان چگالی اجتناب شود. به این ترتیب ذرات رسوبشونده سریعتر توسط ذرات کندتر آلوده نمیشوند، همانطور که در سانتریفیوژ افتراقی اتفاق میافتد. با این حال، منطقه بار باریک، حجم نمونه (معمولاً 10٪) را که می تواند بر روی گرادیان چگالی قرار گیرد، محدود می کند. گرادیان نوارها را تثبیت می کند و محیطی برای افزایش چگالی و ویسکوزیته فراهم می کند.
سرعت رسوب ذرات در درجه اول به اندازه و جرم آنها به جای چگالی بستگی دارد. همانطور که ذرات در نوار از طریق محیط چگالی به سمت پایین حرکت می کنند، مناطق حاوی ذرات با اندازه مشابه تشکیل می شوند زیرا ذرات سریعتر رسوب می کنند جلوتر از ذرات کندتر. از آنجایی که چگالی ذرات بیشتر از چگالی گرادیان است، تمام ذرات در صورت خرید سانتریفیوژ کافی در نهایت یک گلوله تشکیل می دهند.